El CD Izarra fue creado en el año 1924, y su primer ascenso a la Tercera División española se produce en 1944, jugando la mayor parte de la década de 1950 y 1960 en esa categoría. El equipo regresó a esa división en la 1983-84, y tras terminar primero de grupo en 1989-90 consigue ascender a la Segunda División B.
Tras permanecer solo una temporada en la división de bronce, asciende al año siguiente tras terminar segundo en el grupo navarro-riojano. Desde 1992 hasta 1998 la ciudad de Estella contó con su equipo en 2ªB, y sus mayor logro fue alcanzar una sexta posición en las temporadas 1992-93 y 1996-97. La última vez que el equipo estuvo en la tercera categoría fue en 1999-2000, al terminar en última posición.
Izarra estuvo en Tercera desde entonces, con temporadas irregulares que le llevaron a cosechar incluso un descenso a Regional en 2004-05, donde solo jugó un año. Al recobrar la categoría, el equipo mejoró sus resultados deportivos. Izarra terminó en dos temporadas consecutivas como campeón del Grupo XV, y cosechó su ascenso a Segunda División B en la temporada 2008-09, al vencer en la promoción de ascenso de ese año a la SD Noja en la fase final.